Instytut Historii kontynuuje prace pierwotnych struktur Wydziału Historii Kościoła Papieskiej Akademii Teologicznej, erygowanego przez Jana Pawła II w grudniu 1981 roku i działającego od października 1982. Właściwy początek historii Instytutu to 11 grudnia 2008 roku – wówczas to, z inicjatywy ówczesnego dziekana, ks. prof. dr. hab. Jan Szczepaniaka, zreorganizowano rozbudowaną strukturę Wydziału Historii i Dziedzictwa Kulturowego. W efekcie katedry odpowiedzialne za prowadzenie studiów na kierunku "historia" weszły w skład Instytutu Historii.

Nominację na pierwszego dyrektora instytutu otrzymał ks. prof. dr hab. Józef Wołczański, i pełnił tę funkcję do końca września 2009 roku. W latach 2009-2012 pracami Instytutu kierował  ks. prof. dr hab. Bogdan Stanaszek wraz ze swoim zastępcą ks. dr. Mariuszem Trąbą. W latach 2012 –2016 funkcję dyrektora sprawował dr hab. Jakub Sadowski, zaś wicedyrektora – dr Marcin Rzepka. Od września 2016 roku funkcję dyrektora sprawował ks. dr hab. Andrzej Bruździński, prof. UPJPII, a wicedyrektorem był o. dr hab. Tomasz Gałuszka OP. Obecnie władzami Instytutu w ramach 3 prowadzonych kierunków są kierownicy kierunków.

Zakres badań prowadzonych w Instytucie odzwierciedla struktura wewnętrzna jednostki. W jej skład wchodzi obecnie siedem katedr, jedno laboratorium i jedna pracownia: Katedra Archiwistyki i Nauk Pomocniczych Historii, Katedra Europy Środkowej i Wschodniej, Katedra Historii Liturgii, Katedra Historii Nowożytnej, Katedra Historii Starożytnej i Średniowiecznej, Katedra Historii XIX i XX wieku, Katedra Krajobrazu i Dziedzictwa Kulturowego, Laboratorium Dziejów Kultury Materialnej, a także Pracownia Badań nad Historią i Kulturą Przestrzeni Totalitarnej i Posttotalitarnej.