Instytut Historii kontynuuje prace pierwotnych struktur Wydziału Historii Kościoła Papieskiej Akademii Teologicznej, erygowanego przez Jana Pawła II w grudniu 1981 roku i działającego od października 1982. Właściwy początek historii Instytutu to 11 grudnia 2008 roku, kiedy to, z inicjatywy ówczesnego dziekana - ks. prof. dr hab. Jana Szczepaniaka, zreorganizowano rozbudowaną strukturę Wydziału Historii i Dziedzictwa Kulturowego. W efekcie katedry odpowiedzialne za prowadzenie studiów na kierunku "historia" weszły w skład Instytutu Historii.

Nominację na pierwszego dyrektora Instytutu otrzymał ks. prof. dr hab Józef Wołczański i pełnił tę funkcję do końca września 2009 roku. W latach 2009-2012 pracami Instytutu kierował ks. prof. dr hab Bogdan Stanaszek wraz ze swoim zastępcą ks. dr. Mariuszem Trąbą. W latach 2012 –2016 funkcję dyrektora sprawował dr hab. Jakub Sadowski, zaś wicedyrektora – dr Marcin Rzepka. Od września 2016 roku funkcję dyrektora sprawował ks. dr hab. Andrzej Bruździński, prof UPJPII, a wicedyrektorem był o. dr hab. Tomasz Gałuszka OP. Obecnie władzami Instytutu w ramach trzech prowadzonych kierunków są kierownicy kierunków. 

Zakres badań prowadzonych w Instytucie odzwierciedla struktura wewnętrzna jednostki. W jej skład wchodzi obecnie siedem katedr, jedno laboratorium i jedna pracownia: Katedra Archiwistyki i Nauk Pomocniczych Historii, Katedra Europy Środkowej i Wschodniej, Katedra Historii Liturgii, Katedra Historii Nowożytnej, Katedra Historii Starożytnej i Średniowiecznej, Katedra Historii XIX i XX wieku, Katedra Krajobrazu i Dziedzictwa Kulturowego, Laboratorium Dziejów Kultury Materialnej, a także Pracownia Badań nad Historią i Kulturą Przestrzeni Totalitarnej i Posttotalitarnej.

Przyszłym studentom oferuje się szeroką i atrakcyjną ofertę dydaktyczną na 3 kierunkach.

Kierunek Historia (ogólnoakademicki)

- specjalności lic:

1/ Historia Kościoła (od 2020/21 Historia Chrześcijaństwa)

2/ Europa Wschodnia

3/ Doktryny Polityczne i Prawne

- specjalności mgr:

Od roku akademickiego 2021/22 na studiach II stopnia nie ma odrębnych specjalności

Kierunek Turystyka i Zarządzanie Dziedzictwem (praktyczny)

- specjalności lic:

1/ Turystyka Historyczna

2/ Zarządzanie Dziedzictwem Materialnym i Niematerialnym

- specjalności mgr:

1/ Turystyka Historyczna

2/ Zarządzanie Dziedzictwem Materialnym i Niematerialnym

3/ Kultury Azji

Kierunek Archiwistyka, Zarządzanie Dokumentacją i Infobrokerstwo (praktyczny)

- specjalności lic:

1/ Archiwistyka, Zarządzanie Dokumentacją i Infobrokerstwo

- specjalności mgr:

1/ Archiwistyka

2/ Zarządzanie Dokumentacją i Infobrokerstwo

fot. A. Kozak

Prowadzone są także studia podyplomowe – archiwistyczno-bibliotekoznawcze oraz semiologiczne.

Studia III stopnia (studia doktoranckie), prowadzące do uzyskania stopnia doktora nauk humanistycznych w zakresie historii działają w ramach SZKOŁY DOKTORSKIEJ UPJPII