Instytut Historii kontynuuje prace pierwotnych struktur Wydziału Historii Kościoła Papieskiej Akademii Teologicznej, erygowanego przez Jana Pawła II w grudniu 1981 roku i działającego od października 1982 roku. Właściwy początek historii Instytutu to 11 grudnia 2008 roku, kiedy to, z inicjatywy ówczesnego dziekana - ks. prof. dr hab. Jana Szczepaniaka, zreorganizowano rozbudowaną strukturę Wydziału Historii i Dziedzictwa Kulturowego. W efekcie katedry odpowiedzialne za prowadzenie studiów na kierunku "historia" weszły w skład Instytutu Historii.

Nominację na pierwszego dyrektora Instytutu otrzymał ks. prof. dr hab Józef Wołczański i pełnił tę funkcję do końca września 2009 roku. W latach 2009-2012 pracami Instytutu kierował ks. prof. dr hab Bogdan Stanaszek wraz ze swoim zastępcą ks. dr. Mariuszem Trąbą. W latach 2012–2016 funkcję dyrektora sprawował dr hab. Jakub Sadowski, zaś wicedyrektora – dr Marcin Rzepka. Od września 2016 roku funkcję dyrektora sprawował ks. dr hab. Andrzej Bruździński, prof UPJPII, a wicedyrektorem był o. dr hab. Tomasz Gałuszka OP. Obecnie władzami Instytutu w ramach trzech prowadzonych kierunków są kierownicy kierunków. 

Zakres badań prowadzonych w Instytucie odzwierciedla struktura wewnętrzna jednostki. W jej skład wchodzi obecnie osiem katedr, jedno laboratorium i jedna pracownia: Katedra Historii Starożytnej i Średniowiecznej, Katedra Historii Nowożytnej, Katedra Historii XIX i XX wieku, Katedra Nauk Pomocniczych Historii, Katedra Archiwistyki, Katedra Historii Polityki, Katedra Europy Środkowej i Wschodniej, Katedra Krajobrazu i Dziedzictwa Kulturowego, Laboratorium Dziejów Kultury Materialnej, a także Pracownia Historii i Kultury Przestrzeni Totalitarnej.

Przyszłym studentom oferuje się szeroką i atrakcyjną ofertę dydaktyczną na 3 kierunkach.